Do ożywienia kultu w znaczący sposób przyczyniło się ustanowienie w Matemblewie w roku 1989, samodzielnej parafii. Pierwszym jej proboszczem, a zarazem kustoszem sanktuarium, został Ks. Kan. Kazimierz Krucz. Stała obecność duszpasterzy, kilka razy dziennie odprawiana Msza św., Nowenna do Matki Bożej z czytaniem próśb i podziękowań oraz powoli rosnące zaplecze sanktuaryjne, sprzyjało temu procesowi.

Uwieńczeniem tego okresu rozwoju sanktuarium była Uroczystość Biskupiej Koronacji Figury Matki Bożej Brzemiennej, której dokonali w dniu 12 sierpnia 1990 roku biskup gdański - Tadeusz Gocłowski i biskup chełmiński - Marian Przykucki. W uroczystości obok czterech biskupów, licznie zgromadzonego duchowieństwa i władz samorządowych, wzięło udział ok. 15 tys. wiernych.

W związku z przygotowaniami do Uroczystości Biskupiej Koronacji Figury Matki Bożej Brzemiennej przeprowadzono kolejne prace w Sanktuarium. Odnowiono kaplicę, uzupełniając ceglane ubytki, zamontowano nową kutą kratę, wymurowano z kamienia oporowe murki wokół wzgórza, na skarpach wśród kamiennych rabatek posadzono skalniaki i kwiaty, a także zlikwidowano niektóre stare elementy wystroju wzgórza, zastępując je nowymi (np. obłożono kamieniem fronton dolnej kaplicy, umieszczając na nim napis z liter z brązu: „Sanktuarium Matki Bożej Brzemiennej w Gdańsku - Matemblewie; (oraz niżej) Matka Boża pomogła, Matka Boża pomoże, Matka Boża zawsze pomoże”; położono też lastryko na betonowe schody i na terenie przed kaplicą).

W kolejnych latach kontynuowano budowę Domu i kościoła. Mimo trwania wstępnej fazy budowy, już w listopadzie 1989 roku przyjęto pierwsze samotne matki. W dniu 11 października 1992 roku Arcybiskup Metropolita Gdański Tadeusz Gocłowski dokonał uroczystego poświęcenia Domu. Od września 1993 r. pieczę nad codziennym życiem Domu objęły Siostry Kanoniczki Ducha Świętego de Saxia z Krakowa.

W czerwcu 1994 roku, po przejściu na emeryturę Ks. Kan. Kazimierza Krucza, proboszczem i kustoszem sanktuarium został Ks. Wiesław Wiśniewski.

Dalsza budowa świątyni p/w NMP Matki Kościoła, będącej wotum wdzięczności za opiekę Maryi nad każdym poczętym życiem, to najważniejsza inwestycja realizowana w następnych latach. Wyłożenie kostką alejek wokół wzgórza, zamontowanie ozdobnych lamp oraz kutej balustrady przy kaplicy, wykonanie nowych kapliczek różańcowych, a także przygotowanie kompleksu obsługującego pielgrzymów, składającego się z: kawiarni z bufetem, sali konferencyjno-kinowej, księgarni, toalet oraz zaplecza sportowo-rekreacyjnego, to kolejne prace, które podjęto w latach 1994-1997.

Ostatnie lata przyniosły dalszy rozwój kultu Matki Bożej w sanktuarium w Matemblewie. Od 1990 roku, w dzień lipcowego Odpustu Nawiedzenia NMP, spod Katedry Oliwskiej, wyrusza piesza pielgrzymka do Matemblewa. Uczestnicy, w liczbie 500-700 osób, idą szlakiem, którym zgodnie z tradycją, Ojcowie Cystersi przenieśli ongiś Figurę Matki Bożej na leśne wzgórze. Przybywają na ten dzień również zorganizowane grupy pielgrzymkowe z okolicznych parafii i miejscowości. Duszpasterze sanktuarium, usilnie troszczą się, by czas spędzony na modlitwie z Matką Bożą, ożywiał życie religijne wszystkich wiernych.

W roku 1996 podjęto dalszą rozbudowę całego ośrodka, co umożliwiło otwarcie w styczniu 1999 Domu Rekolekcyjnego dla Małżeństw i Rodzin oraz Domu Pielgrzyma.

Od maja 1996 roku, kiedy to Sanktuarium nawiedziła Maryja w znaku Figury Fatimskiej, w każdą niedzielę popołudniu, w świątyni odbywa się Adoracja Najświętszego Sakramentu w intencji rodzin. Po krótkim nabożeństwie dziękczynnym za dar nowego życia, udziela się parom małżeńskim, oczekującym na rozwiązanie, indywidualnego błogosławieństwa Najświętszym Sakramentem. Wielu małżonków daje świadectwo swej wdzięczności za dar tego błogosławieństwa.Sanktuarium w Matemblewie od samego początku było ulubionym miejscem modlitwy małżonków i rodziców. Codziennie widać, klęczące przed kaplicą niewiasty w stanie błogosławionym, ojców zatroskanych o zdrowie swoich żon i dzieci. Modlące się u stóp Maryi całe rodziny, to bardzo częsty i wzruszający widok. O różnych porach dnia i nocy na wzgórzu - Maryja jako najczulsza i zawsze dostępna dla swych dzieci Matka - otwiera swoje serce na prośby i troski, przybywających tu pielgrzymów.

Wychodząc na przeciw potrzebom chrześcijańskich małżeństw, Arcybiskup Metropolita Gdański Tadeusz Gocłowski  ustanowił w 1994 roku przy Sanktuarium Centrum Apostolstwa Rodziny Chrześcijańskiej. W dekrecie, powołującym Centrum do istnienia, czytamy: „Niech Święta Rodzina, ikona i wzór każdej ludzkiej rodziny, pomoże każdemu nawiedzającemu to Centrum postępować w duchu Nazaretu; niech pomoże każdej rodzinie pogłębiać świadomość własnego posłannictwa w społeczeństwie i Kościele przez słuchanie słowa Bożego, modlitwę i inne podejmowane tu działania. Niech Maryja, Matka pięknej miłości i Józef, Opiekun Odkupiciela, towarzyszą wszystkim swą stałą opieką”.

Wykorzystując przygotowane w międzyczasie zaplecze (kawiarnia z bufetem, sala konferencyjna, księgarnia...) miejscowi duszpasterze, przy współudziale osób świeckich, organizowali adresowane do rodzin: konferencje, wykłady, wystawy, rekolekcje. Przy Sanktuarium działają wspólnoty skupiające małżeństwa (Wspólnota Małżeństw „Czas dla Rodzin”, Matemblewska Wspólnota Rodzin), które aktywnie włączają się w działalność ewangelizacyjną Centum. Zwieńczeniem całorocznej pracy jest Dzień Wspólnoty Rodzin Archidiecezji Gdańskiej na który - rokrocznie w czerwcu – przybywają do Matemblewa katolickie ruchy, stowarzyszenia i organizacje skupiające rodziny.

Kaplica na leśnym wzgórzu w Matemblewie stała się też ulubionym miejscem odwiedzanym przez zakochanych, narzeczonych i młode pary. Odczytując ten znak, kapłani pracujący w sanktuarium, proponują młodzieży udział w (przygotowujących do życia w małżeństwie i rodzinie) Warsztatach Matemblewskich, a także Nocnych Czuwaniach Młodych (w październiku) i Festiwalu „Młodzi i Miłość” (w czerwcu). Na co dzień miejscem formacji młodych skupionych wokół Sanktuarium jest Wspólnota Czystość Serca.

Sanktuarium Matki Bożej Brzemiennej to miejsce, które liczni obrońcy życia poczętego, od lat, uważają za źródło inspiracji i mocy. Maryja - ta, która wyśpiewała w domu św. Elżbiety swe radosne Magnifikat Bogu dawcy życia - uczy nas tutaj jak głosić Ewangelię życia. Dlatego, właśnie w Matemblewie odbywają się spotkania i zjazdy grup „pro life”, składane są przyrzeczenia duchowej adopcji dziecka poczętego, tu wreszcie przeprasza się Boga za grzechy przeciwko życiu.

Nie ulega dzisiaj wątpliwości, że Sanktuarium Maryjne w Matemblewie jest obok Trąbek Wielkich, Swarzewa i Wejherowa, jednym z głównych w Archidiecezji Gdańskiej. To sanktuarium, gdzie Maryja, dzień i noc, krzepi serca, ociera łzy, uzdrawia i niesie radość. Jest ono żywym świadectwem wiary, gdzie toczy się dialog człowieka z Bogiem.